اهداف اجرای سیستم‌ها: هدف از اجرای نرم افزار اتوماسیون اداری، ساماندهی و نظام بخشیدن به فرایندهای مرتبط با سازمان الکترونیکی دبیرخانه است. واحدهایی که نیاز به مکاتبات داخلی با هم دارند و یا در فرایند تولید نامه صادره و یا ثبت نامه وارده و پیگیری آن درگیر هستند از آن استفاده می‌کنند. در صورتیکه هدف از اجرای نرم افزار BPMS، ساماندهی، اجرا و بهبود فرایندهای سازمانی بوده که ممکن است برخی بسیار عمومی و برخی بسیار تخصصی باشند.
روش استقرار و اجرا: معمولا استقرار، اجرا و آموزش نرم افزار اتوماسیون اداری طی یک برنامه از پیش تعیین شده با توجه به حدود و ثغور یک سازمان قابل ارائه خواهد بود. در صورتیکه استقرار یک BPMS با در نظر گرفتن حیطه نفوذ آن در سطح کل فرایندهای سازمانی متفاوت بوده و با توجه به پیچیدگی فرایند قابل ارائه خواهد بود. به بیان دیگر فرایند استقرار اتوماسیون اداری کلاسیک و فرایند استقرار نرم افزار BPMS است.
کمیته راهبری و مدیریت سیستم متفاوت: کمیته راهبری نرم افزار اتوماسیون اداری معمولا شامل همکاران دبیرخانه و مسئولین دفاتر بوده در صورتیکه کمیته راهبری نرم افزار BPMS شامل زیر کمیته‌های تخصصی با اعضای مالکین فرایند و کمیته اصلی راهبری با هدف حفظ یکپارچگی زیر فرایندها است.
آنالیز محتوایی فرایند: امکان آنالیز محتوایی فرایند در BPMS وجود دارد در صورتیکه با توجه به متن محور بودن نرم افزار اتوماسیون اداری، محدود آنالیز در سطح متن بسیار محدود خواهد بود. با این تحلیل‌ها امکان تولید داشبوردهای مدیریتی وجود دارد. این قدرت تحلیل محتوایی مهمترین تفاوت نرم افزار اتوماسیون اداری و BPMS است.
شرکت های پیشرو نشان داده اند که استفاده از مدیریت فرآیندهای کسب و کار (BPM) می تواند به وعده IT برای خودکار سازی فرآیندهای کسب و کار و استراتژی حمایت مستقیم تحقق ببخشد. مدیریت فرآیندهای کسب و کار، نخست نظم فکری در مورد چگونگی اجرای بهینه ی کسب و کار شما از طریق فرآیندهای تعریف شده است و سپس پیدا کردن راهی برای استفاده از آخرین تحولات در تکنولوژی به منظور گسترش اتوماسیون برای دستیابی به اثربخشی و بهره وری می باشد.
امروزه هر سازمان از نرم‌افزارهای کاربردی برای پیشبرد اهدافش استفاده می نماید که هر یک از آن‌ها مبتنی بر تکنولوژی خاصی هستند. غالبا این نرم‌افزارها به منظور تامین نیازهای واحد خاصی از سازمان تولید شده اند و در حیطه تعریف شده ی مربوط به همان بخش به کار گرفته می شوند. در نتیجه رابطه ای میان نرم افزارهای بخش های مختلف وجود نخواهد داشت.
بنابراین این سوال مطرح می شود که....
اگرمجموعه ای بخواهد میان نرم افزارهای مختلف سازمان یکپارچگی ایجاد کند، باید چگونه عمل کند؟
یکی از اهداف اجرای سیستم های مدیریت فرآیندهای کسب و کار (نرم افزار BPMS) در یک سازمان، ایجاد یکپارچگی بین اطلاعات BPMS و سایر سیستم های جزیره ای یا تخصصی آن سازمان است. برای ایجاد یکپارچه سازی میان سیستم های سازمان و سیستم مدیریت فرآیند، راهکارهای متفاوتی وجود دارد که در ادامه به آن می پردازیم.