برای استفاده موثر از نرم افزار BPMS، سازمان ها نیاز به یک استراتژی مشخص برای پیاده سازی و استفاده از آن دارند. عدم وجود استراتژی مشخص ممکن است باعث ناآگاهی و گمراهی درباره هدف و نیازهای سازمان در استفاده از نرم افزار BPMS شود. مواردی همچون شیوه و ترتیب شناسایی و مدلسازی فرآیندها و همچنین مسائل فنی همچون پیاده سازی و ساخت فرآیندها در BPMS نیازمند برنامه ریزی و تصمیم گیری های درست و از پیش تعیین شده است.
استفاده موثر از نرم افزار BPMS نیازمند آموزش کارمندان است تا بتوانند به درستی با ابزار و فرآیندهای مربوطه کار کنند. عدم آگاهی و آموزش کافی میتواند به عملکرد ناکارآمد و استفاده ناموثر از نرم افزار BPMS منجر گردد، چرا که کارکنان و پرسنل سازمان از نرم افزاری که با آن احساس راحتی نکنند، حمایت نخواهند کرد.
ارتباطات نامناسب بین اعضای سازمان و تیم های مختلف میتواند باعث عدم هماهنگی و اثربخشی در استفاده از نرم افزار BPMS شود. ارتباطات بین بخش های مختلف سازمان و تیم های پروژه باید ساختارمند و کارآمد باشد تا امکان همکاری و هماهنگی بین آن ها فراهم شود، چرا که در زمان تحلیل فرآیندها نظرات تمامی افراد و واحدهای درگیر در آن باید در نظر گرفته شود تا سیستمی که پیاده سازی خواهد شد، برای همه افراد کارآمد باشد.
نرم افزار BPMS قابلیتهای زیادی برای مدیریت و بهبود فرآیندهای کسب و کار ارائه میدهد، اما در برخی موارد، سازمان ها ممکن است نرم افزار را به طور کامل بهره برداری نکرده و نتوانند از تمام قابلیت ها و امکانات آن استفاده کنند. به عنوان مثال، امکانات فنی نرم افزار که نیازمند دانش فنی و کدنویسی است، در سازمانی که نیروی متخصص چنین کاری را ندارد ممکن است بلااستفاده بماند.
برای مواجهه با تحولات سریع در صنعت و بازار، سازمان ها همه ساله با تغییرات و اصلاحات متعددی مواجه می شوند. نادیده گرفتن تغییرات محیطی و عدم بروزرسانی فرآیندها و سیستم ها ممکن است باعث ایجاد ناکارآمدی و موانع در استفاده از نرم افزار BPMS شود.
به طور کلی، استفاده مناسب از نرم افزار BPMS نیازمند بررسی دقیق از نیازها و هدف های سازمان، طراحی و پیاده سازی مناسب فرآیندها، آموزش کارمندان، ارتباطات کارآمد و استفاده بهینه از قابلیت های نرم افزار است.